关键词:
胶质瘤
FBLIM1基因
生物信息
TCGA数据库
生存分析
摘要:
目的探讨FBLIM1基因在人脑胶质瘤组织中表达、相关生物学功能、信号通路及其与患者预后的相关性.方法癌症基因组图谱数据库(TCGA)中检索FBLIM1在人脑胶质瘤组织中表达情况,分析比较胶质瘤患者肿瘤组织与正常脑组织中FBLIM1 mRNA表达水平是否存在差异.STRING数据库中构建FBLIM1及其相互作用蛋白网络(PPI)同时对网络中的蛋白进行聚类分析.采用基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEEG)分析网络中相互作用蛋白,预测其可能功能及信号通路.根据FBLIM1基因在胶质瘤中的表达水平中位数分为高和低表达组,绘制生存曲线,比较高低表达组无疾病进展生存(DFS)和总生存(OS)是否存在差异.结果在胶质瘤患者肿瘤组织中FBLIM1基因表达水平显著高于对应的正常脑组织(P<0.05).PPI网络中共有30个相关蛋白,平均蛋白间相互作用关系强度为8.9,局部聚类指数为0.89,呈现明显的聚类表达(P<0.05).采用cytohubb软件进行关键基因筛选(hubb基因),FERMT3、FLNC、VCL、TLN2和TLN1为PPI网络中的关键基因.FBLIM1及其相关蛋白分子功能主要富集于细胞黏附分子结合、肌动蛋白结合、肌动蛋白丝结合、细胞骨架蛋白结合等;KEGG信号通路主要富集于细胞黏附、中枢神经系统肿瘤、细胞增殖、Rap1信号通路、上皮细胞的侵袭、癌症中的蛋白聚糖、白细胞跨内皮迁移等细胞信号通路.根据FBLIM1表达水平中位数,分为高、低表达组,采用Log-rank检验比较高、低表达组患者生存期.胶质瘤总生存(OS)与FBLIM1表达水平无关(HR=1.4,P=0.10),而无疾病进展生存(PFS)在FBLIM1高表达组中显著低于低表达组(HR=1.7,P=0.015).结论FBLIM1在胶质瘤中表达水平明显升高,并且与胶质瘤患者的无疾病进展生存时间有关.