香花枇杷质体基因组序列密码子偏性分析

作     者：屈亚亚 辛静 冯发玉 董章宏 瞿绍宏 王海洋 李斌 辛培尧 QU Ya-ya;XIN Jing;FENG Fa-yu;DONG Zhang-hong;QU Shao-hong;WANG Hai-yang;LI Bin;XIN Pei-yao

作者机构：西南林业大学园林园艺学院国家林业和草原局西南风景园林工程技术研究中心云南昆明650224 西南林业大学西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室云南昆明650224 毕节市林业科学研究所贵州毕节551700 

出 版 物：《西北林学院学报》 (Journal of Northwest Forestry University)

年 卷 期：2021年第36卷第4期

页      面：138-144,158页

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090201[农学-果树学] 

主　　题：香花枇杷 叶绿体基因组 密码子偏性 

摘      要：选取香花枇杷质体基因组进行密码子使用偏好性的生物信息学分析,用于理解其密码子使用偏性的主要原因,为今后该属植物基因的进化、起源以及转化体系中载体构建等方面研究提供借鉴。利用Codon W 1.4.2、SPSS statistics 17.0、Excel 2016和cusp等软件对筛选出的37条基因编码序列密码子进行最优密码子分析、中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot绘图分析。结果表明,ENC平均值为47.02;GC3与GC1、GC2的相关性均不显著;GCall为39.08%,GC1(48.79%)GC2(40.18%)GC3(28.44%);RSCU1的29个密码子中有28个以A或U结尾;PR2-plot绘图分析显示多数位点偏离中心,落于左下方位置;确定了UUU、UUG、CUU等15个最优密码子。香花枇杷叶绿体基因组中,同义密码子的使用偏性较弱(47.02);密码子的第1、2位碱基组成比较相似,但均不同于第3位;整体A、U含量大于C、G,末位碱基以A、U为主,且嘧啶的使用频率高于嘌呤;香花枇杷叶绿体基因组密码子的使用模式主要受到选择、突变的和其他因素的综合作用影响。