头颈癌核心基因筛选及其预后分析

作     者：杨小庆 王丽丽 王珍珍 张栋 常冰梅 YANG Xiao-qing;WANG Li-li;WANG Zhen-zhen;ZHANG Dong;CHANG Bing-mei

作者机构：山西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室 山西医科大学第一医院麻醉科 

出 版 物：《现代预防医学》 (Modern Preventive Medicine)

年 卷 期：2022年第49卷第16期

页      面：3056-3062页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

基　　金：山西省重点研发计划项目(201903D321101) 细胞生理学教育部重点实验室(山西医科大学)开放基金项目(CPOF202113) 山西省研究生教育创新项目(2021YJJG106) 

主　　题：头颈癌 生物信息学 差异表达基因 预后 

摘      要：目的 利用生物信息学方法,筛选与头颈癌发生发展相关的差异表达基因,并进行相关的预后分析,寻找头颈癌新的诊断标志物以及治疗靶点。方法 在GEO数据库中下载头颈癌相关数据集GSE83519,利用GEO2R分析其差异表达基因,并对其进行功能注释及通路富集分析。通过STRING网站与Cytohubba软件筛选核心基因。利用UALCAN在线网站筛选预后相关基因,并使用cBioPortal在线工具对预后相关基因在头颈癌中的基因突变进行分析。结果 GEO2R分析结果显示,GSE83519筛选出371个差异表达基因,其中含240个上调基因和131个下调基因。功能富集分析结果表明,差异表达基因主要与对氧含量的反应,凋亡信号通路的负调控等有关。通路富集分析表明差异表达基因主要涉及癌症通路,细胞凋亡通路等。Cytohubba软件筛选出25个核心基因,这些基因参与了结直肠癌,乳腺癌,食管癌等多个癌症的发生发展,其中CASP8、CXCL12、MMP9等基因已被证实与头颈癌发生风险相关。通过UALCAN网站发现四个核心基因IL6、CD28、HDAC1、ESR1与头颈癌的预后相关。cBioPortal分析结果显示,四个预后相关基因在头颈癌的发生发展中均存在基因突变。结论 本研究筛选出了四个与头颈癌预后相关的基因,这些基因在头颈癌中存在基因突变的现象,有望成为临床诊断及治疗的新靶点。