用于成对PPI网络比对的分治与整合算法

作     者：刘晓 陈璟 王子祥 LIU Xiao;CHEN Jing;WANG Zixiang

作者机构：江南大学人工智能与计算机学院江苏无锡214122 江南大学江苏省模式识别与计算智能工程实验室江苏无锡214122 

出 版 物：《智能系统学报》 (CAAI Transactions on Intelligent Systems)

年 卷 期：2022年第17卷第5期

页      面：960-968页

核心收录：

学科分类：12[管理学] 1201[管理学-管理科学与工程(可授管理学、工学学位)] 08[工学] 081201[工学-计算机系统结构] 0812[工学-计算机科学与技术（可授工学、理学学位）] 

基　　金：江苏省青年科学基金项目(BK20150159) 江苏省研究生科研创新计划(KYCX20_1939) 

主　　题：蛋白质相互作用网络 网络比对 分治 模块化 二分图 特征向量中心性 度中心性 复杂网络 

摘      要：生物网络比对是分析不同生物间进化关系的重要手段,它可以揭示不同物种间的保守功能并为物种间的注释转移提供重要信息。网络比对与子图同构类似,是一个NP-hard问题。本文提出了一种新的分治与整合策略的生物网络比对算法。首先进行模块划分,并根据已有的比对信息计算模块相似性;然后根据模块间结点的子比对获取候选结果集,最终通过超图匹配获得比对结果。使用已有的比对信息的集体行为预估模块间的相似性,大大提高了模块匹配的效率。基于路径和结点的得分函数保证了模块内结点的相似性。对于不同网络间结点的相似性,分别从结点自身和结点间的差异进行相似性判断。与现有算法相比,本文算法在生物和拓扑指标上均表现最佳。