基于CRISPR/dCas9-SAM系统筛选胃癌细胞增殖相关基因

作     者：彭玉 巩琦凡 台福敏 王田田 葛常辉 郑晓飞 秦宜德 付汉江 Peng Yu;Gong Qifan;Tai Fumin;Wang Tiantian;Ge Changhui;Zheng Xiaofei;Qin Yide;Fu Hanjiang

作者机构：安徽医科大学基础医学院合肥230032 军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所放射生物学北京重点实验室北京100850 

出 版 物：《安徽医科大学学报》 (Acta Universitatis Medicinalis Anhui)

年 卷 期：2022年第57卷第11期

页      面：1693-1698页

学科分类：1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金(编号:81773038、32071290) 

主　　题：CRISPR/dCas9-SAM系统 细胞增殖 胃癌 长链非编码RNA 

摘      要：目的利用CRISPR/dCas9-SAM系统探究影响胃癌细胞AGS增殖相关基因,分析其在胃癌发生发展中的作用。方法针对胃癌与正常胃组织差异表达的基因设计sgRNA,构建包装后获得慢病毒文库。以该文库感染AGS细胞后不同时间点作为筛选压力,收取第0、7、14天3个时间点的AGS细胞。高通量测序分析感染后不同时间点AGS细胞中sgRNA富集情况,获得与AGS细胞增殖相关差异基因。结果生物信息学显示与0 d组相比,7 d组、14 d组分别获得阴性筛选差异基因42、45个,阳性筛选差异基因59、40个。其中7 d组和14 d组中阴性筛选和阳性筛选共有的基因各11个。结论筛选获得11个抑制AGS细胞增殖的基因,其中5个为蛋白编码基因,6个为长链非编码RNA(lncRNA)基因;筛选获得11个促进AGS细胞增殖的候选基因,其中3个为蛋白编码基因,8个为lncRNA基因。为进一步功能验证、全面解析胃癌发生发展过程奠定基础。