柯萨奇病毒B组5型基因分型标准的研究

作     者：何云 杨倩 严冬梅 祝双利 冀天娇 卫海燕 魏雷雷 樊欢 路环环 肖金波 赵鹤鹤 王雯慧 郭琴 邢薇佳 张勇 He Yun;Yang Qian;Yan Dongmei;Zhu Shuangli;Ji Tianjiao;Wei Haiyan;Wei Leilei;Fan Huan;Lu Huanhuan;Xiao Jinbo;Zhao Hehe;Wang Wenhui;Guo Qin;Xing Weijia;Zhang Yong

作者机构：山东第一医科大学山东省医学科学院济南250117 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所、国家脊髓灰质炎实验室、国家卫生健康委员会生物安全重点实验室、国家卫生健康委员会医学病毒与病毒病重点实验室北京102206 河南省疾病控制预防中心郑州450016 吉林省疾病预防控制中心、吉林省公共卫生研究院长春130062 江苏疾病控制预防中心南京210009 

出 版 物：《国际病毒学杂志》 (International Journal of Virology)

年 卷 期：2022年第29卷第6期

页      面：455-460页

学科分类：1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

基　　金：山东省高等学校青创科技支持计划(2019KJL004) 北京市自然科学基金-海淀原始创新联合基金项目(L192014) 国家重点研发计划(2021YFC2302003) 

主　　题：柯萨奇病毒B组5型 分子分型 VP1区 分型标准 手足口病 

摘      要：目的依据肠道病毒分子分型的基本原则(基于VP1区全长核苷酸序列差异界值15%~25%),科学建立柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5,CVB5)的分子分型标准。方法本研究依托中国手足口病实验室网络,将来自中国大陆2001—2021年间分离出的69株CVB5采用逆转录-聚合酶链反应扩增全长VP1编码区,并进行核苷酸序列测定和分析;同时下载并筛选GenBank中截至2022年2月16日的742条CVB5全长VP1编码区核苷酸序列(849个核苷酸)。使用MEGA 7.0软件进行序列比对及构建基于最大似然法的基因进化树,自展值设定为1000,进行CVB5分子分型标准的研究。结果69株中国大陆CVB5分离株与CVB5原型株(Faulkner株)核苷酸和氨基酸的相似性分别为77.3%~81.6%和93.2%~95.3%。系统进化树显示,全球CVB5可分为4个不同分支,分支内核苷酸的平均差异范围在7.3%~13.4%,氨基酸的平均差异范围在1.9%~3.3%,分支间核苷酸的平均差异范围在17.0%~22.3%,氨基酸的平均差异范围为4.2%~4.9%。根据上述分子分型标准,将全球CVB5划分为A、B、C、D四个基因型。A基因型和C基因型CVB5可能在进化过程中已消失,不再流行,而B基因型和D基因型CVB5目前在全球呈现共流行趋势。中国大陆流行的CVB5主要为D基因型,少部分为B基因型。结论本研究建立了CVB5的分子分型的标准,并根据该标准将全球CVB5划分为4个基因型,对进一步了解CVB5的遗传变异变迁规律和进行分子溯源具有重要意义。