江西一例iVDPV病例Ⅲ型脊髓灰质炎病毒基因特征分析

作     者：郭琴 刘晓庆 肖芳 祝双利 王东艳 赵鹤鹤 路环环 肖金波 杨倩 李晓嫘 朱晖 冀天娇 王雯慧 何云 孙强 张勇 许文波 严冬梅 GUO Qin;LIU Xiaoqing;XIAO Fang;ZHU Shuangli;WANG Dongyan;ZHAO Hehe;LU Huanhuan;XIAO Jinbo;YANG Qian;LI Xiaolei;ZHU Hui;JI Tianjiao;WANG Wenhui;HE Yun;SUN Qiang;ZHANG Yong;XU Wenbo;YAN Dongmei

作者机构：国家脊髓灰质炎实验室、世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室、国家卫生健康委员会生物安全重点实验室、国家卫生健康委员会、医学病毒和病毒病重点实验室、中国疾病预防控制中心、病毒病预防控制所北京102206 达州中医药职业学院达州635000 江西省疾病预防控制中心南昌330029 山东第一医科大学济南271016 中国科学院生物安全大科学研究中心北京102206 

出 版 物：《病毒学报》 (Chinese Journal of Virology)

年 卷 期：2023年第39卷第2期

页      面：468-476页

核心收录：

学科分类：1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

基　　金：国家重点研发计划(项目号:2021YFF0703801),题目:微生物科学数据整合标准及共享服务平台建设 国家重点研发计划(项目号:2021YFC2302003),题目:病毒监测网络数据标准及数据平台建设 北京市自然科学基金(项目号:L192014),题目:EVA71疫苗大规模应用后对我国手足口病病原谱的影响及其保护效果评价研究 

主　　题：脊髓灰质炎病毒 免疫缺陷 口服脊灰减毒活疫苗 

摘      要：分析江西一例免疫缺陷患者体内连续采集的15份粪便标本中分离到的Ⅲ型脊髓灰质炎病毒的全长VP1区基因特征。将从15份标本中分离到的14株Ⅲ型iVDPVs进行噬斑纯化,每个病毒随机挑取10个噬斑,接着进行逆转录‐聚合酶链反应扩增,测定获取到的154株iVDPVs全长VP1区序列。通过系统发育分析和BEAST程序探究iVDPV病毒的进化特征,估算其进化速率和口服脊灰减毒活疫苗(attenuated oral polio vaccine,OPV)初始感染时间。14株iVDPVs与Ⅲ型脊髓灰质炎减毒疫苗株(Sabin Ⅲ)核苷酸和氨基酸同源性分别为97.8%~98.7%和97.6%~98.3%。相较于Sabin Ⅲ,14株iVDPVs VP1区第54位氨基酸发生了A→V的突变,这可能导致温度敏感表型和衰减表型的改变。根据拓扑结构系统发育树被划分为3个Lineages,其中17049‐1‐8,17049‐2‐2和17049‐2‐9分别属于Lineage 1和Lineage 2,其余属于Lineage 3。具有Lineage 3序列特征的克隆是优势克隆,呈现出随时间持续分化的特征。BEAST程序估算的14株iVDPVs全长VP1区核苷酸平均进化速率为9.29×10‐3/位点/年(95%置信区间:2.81×10‐3‐1.59×10‐2),OPV初始感染时间为2012年11月18日。MCC树(maximum clade credibility tree)显示前4个遗传分支的分化仅用了40 d。14株Ⅲ型iVDPVs具有高度相关性,它们感染患儿后进化非常迅速,在慢性感染的早期便开始了谱系的分化。突变的不断积累和关键位点的改变可以引起iVDPVs神经毒力的变化,导致患儿出现AFP症状。iVDPV病例持续的排毒给脊灰根除目标的实现带来了巨大挑战,在脊髓灰质炎消灭的最后阶段及时调整免疫策略,继续维持较高的免疫覆盖率,保持iVDPV监测的灵敏性显得十分重要。