Specter聚类方法在单细胞RNA测序数据分析中的应用

作     者：何佳 王文杰 张刘超 李康 He Jia;Wang Wenjie;Zhang Liuchao

作者机构：哈尔滨医科大学卫生统计学教研室150081 

出 版 物：《中国卫生统计》 (Chinese Journal of Health Statistics)

年 卷 期：2023年第40卷第3期

页      面：354-357,362页

核心收录：

学科分类：1004[医学-公共卫生与预防医学(可授医学、理学学位)] 100401[医学-流行病与卫生统计学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金(81973149) 

主　　题：Specter scRNA-seq 聚类 细胞亚群 

摘      要：目的研究Specter聚类的原理和方法,探讨其适用条件,并将其应用于卵巢癌单细胞测序(scRNA-seq)数据的聚类分析,标记得到的细胞亚群。方法通过模拟试验和实际单细胞RNA数据分析,对Specter聚类和较常用的其他三种方法进行比较,并用ARI和NMI两种评价指标的总得分进行评价。结果模拟试验显示,在设定的条件下,Specter聚类性能均优于其他三种方法;实例数据结果也表明,Specter聚类能够得到合理的细胞亚群。结论Specter聚类方法降低了参数敏感性,提高了聚类的准确性,具有研究价值和应用价值。