枫香叶片变色期全长转录组测序及分析

作     者：刘雄盛 尹国平 肖玉菲 蒋燚 王仁杰 黄荣林 姜英 王勇 LIU Xiongsheng;YIN Guoping;XIAO Yufei;JIANG Yi;WANG Renjie;HUANG Ronglin;JIANG Ying;WANG Yong

作者机构：广西壮族自治区林业科学研究院广西优良用材林资源培育重点实验室南宁530002 

出 版 物：《广西植物》 (Guihaia)

年 卷 期：2023年第43卷第9期

页      面：1710-1720页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 08[工学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 0901[农学-作物学] 0836[工学-生物工程] 090102[农学-作物遗传育种] 

基　　金：广西优良用材林资源培育重点实验室自主课题(2019-A-03-02) 广西林业科技推广示范项目(桂林科研26号) 

主　　题：枫香 叶片变色期 单分子实时测序技术 全长转录组 基因功能注释 

摘      要：枫香因其树形优美,入秋后叶色红艳或橙黄,极具观赏价值,是优良的景观生态树种。为了解枫香叶片变色及其次级代谢过程的遗传基础,该文以枫香5个叶片变色期叶片混合样品为材料,利用单分子实时测序技术(PacBio平台)对其进行全长转录组测序。结果表明:(1)全长转录组测序共获得41.04 Gb的高质量数据,从中鉴定出全长非嵌合序列563 180条,通过聚类和去冗余,获得27 269条高质量全长转录本。在27 269条全长转录本中预测到2 035条长链非编码RNA(lncRNA),并检测出14 892个简单重复序列(SSR)位点和1 856个转录因子。(2)基因注释结果表明,NR、GO、COG、KEGG等8个数据库共注释了24 857条转录本,KEGG数据库共获得了124个条代谢途径,主要有核糖体、碳代谢、氨基酸生物合成等,在类黄酮和叶绿素代谢途径中分别有49和71个转录本参与。上述结果初步揭示了枫香叶片变色期转录组信息以及功能特性,为后续研究枫香叶片变色分子机制、色素代谢合成途径和调控、相关功能基因克隆以及叶色改良提供基础数据。