3种鲌亚科鱼类全基因组微卫星分布特征分析

作     者：刘士力 刘一诺 李飞 郑建波 程顺 蒋文枰 迟美丽 赵金良 LIU Shili;LIU Yinuo;LI Fei;ZHENG Jianbo;CHENG Shun;JIANG Wenping;CHI Meili;ZHAO Jinliang

作者机构：上海海洋大学农业农村部淡水水产种质资源重点实验室上海203106 上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室上海203106 浙江省淡水水产研究所浙江省淡水水产遗传育种重点实验室浙江湖州313001 

出 版 物：《上海海洋大学学报》 (Journal of Shanghai Ocean University)

年 卷 期：2023年第32卷第6期

页      面：1176-1183页

核心收录：

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：浙江省农业(水产)新品种选育重大科技专项(2016C02055-1 2021C02069-3) 

主　　题：鲌亚科 微卫星 基因组 分布特征 

摘      要：利用MISA软件对3种鲌亚科鱼类全基因组中的完整型微卫星进行了搜索,并对其分布特征及规律进行了分析。结果表明:在翘嘴鲌(Culter alburnus,1.055 Gb)、浪白鱼(Anabarilius grahami,1.006 Gb)和团头鲂(Megalobrama amblycephala,1.116 Gb)全基因组中,分别筛选出772276、548726和772329个完整型微卫星。相对丰度分别为732.0,553.2和691.2个/Mb。微卫星总长度分别为14.29,9.42和15.02 Mb,分别占基因组序列总长度的1.35%,0.94%和1.35%。在1~6个不同碱基重复类型完整型微卫星中,3种鲌亚科鱼类的6种碱基类型数目排序是一致的。均是单碱基重复数目最多,然后依次是二碱基、四碱基、三碱基、五碱基和六碱基。3种鱼三碱基和四碱基重复中数量最多的分别是AAT和AGAT,但在翘嘴鲌二碱基重复中,AT重复微卫星的数量要多于AC重复。3种鱼中不同碱基类型微卫星分布频率随着重复单元拷贝数和长度的增加呈递减趋势,其微卫星重复单元长度主要分布在10~30 bp,分别占微卫星总数的90.54%、94.27%和89.17%。本研究结果可为进一步研究鲌亚科基因组特征提供参考,并为今后进行这3种鱼的分子标记辅助育种及遗传信息评估等工作提供基础资料。