陆地棉GhTCP4基因编码蛋白质生物信息学分析

作     者：郝晓燕 丁璇 赵准 胡文冉 

作者机构：新疆农业科学院核技术生物技术研究所新疆农作物生物技术重点实验室 新疆农业大学农学院 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2024年

学科分类：09[农学] 0901[农学-作物学] 

基　　金：新疆维吾尔自治区重点实验室开放课题(2021D04002) 新疆维吾尔自治区自然科学基金面上项目(2022D01A88)共同资助 

主　　题：陆地棉 TCP家族 蛋白质结构 生物信息学 

摘      要：为了明确陆地棉中TCP4基因的生物学功能，本研究基于棉花基因组数据库，通过关键词TCP4搜索，获得6个陆地棉GhTCP4基因及其编码的蛋白质序列，并利用生物信息学方法对组成蛋白质的氨基酸序列的理化性质进行分析。结果表明，在棉花FGD网站NAU库中共查到6个陆地棉转录因子TCP4，ID号分别为Gh＿D01G0419、Gh＿A01G0414、Gh＿D05G3332、Gh＿A04G0316、Gh＿A13G1272和Gh＿D13G1576。GhTCP4基因编码401～446个氨基酸，其编码产物为不稳定的亲水性蛋白质。二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主，均含有1个TCP超家族结构域，不存在信号肽，无跨膜区域和二硫键。三级结构显示GhTCP4蛋白质存在较多的扭曲和折叠。GhTCP4基因编码蛋白主要在细胞核中发挥作用，属于TCP转录因子家族，具有DNA结合转录因子活性。陆地棉GhTCP4蛋白质成员的多序列对比结果表明陆地棉TCP转录因子保守性较高。本研究为研究GhTCP4基因遗传特性提供一定的参考。