基于GPU的非标记定量软件QuantWiz并行化实现

作     者：费辉 张云泉 王靖 FEI Hui;ZHANG Yun-quan;WANG Jing

作者机构：中国科学院软件研究所并行软件与计算科学实验室北京100190 中国科学院软件研究所计算机科学国家重点实验室北京100190 中国科学院研究生院北京100190 

出 版 物：《计算机科学》 (Computer Science)

年 卷 期：2012年第39卷第6期

页      面：285-288页

核心收录：

学科分类：08[工学] 0835[工学-软件工程] 081202[工学-计算机软件与理论] 0812[工学-计算机科学与技术（可授工学、理学学位）] 

基　　金：中科院知识创新工程重大项目(KGCX1-YW-13)资助 

主　　题：非标记定量 蛋白质组 QuantWiz GPU 并行计算 

摘      要：QuantWiz是一款基于质谱的非标记定量软件,可很好地应用于定量蛋白质组学。实验数据的日益增大,使定量的计算量巨大,耗费时间长。GPU以几百GFlops甚至上TFlops的运算能力,为定量蛋白质组学这样的计算密集型应用提供了良好的加速方案。对QuantWiz软件做了深入的研究与分析,找到了软件性能的热点模块所在,提出了该软件在GPU上的加速方案———GPU-QuantWiz,并进行了实现。性能测试显示,在Tesla C1060上,该方案的平均加速比达到9.66倍,得到了良好的加速效果。同时,该方案还可以扩展到两块及以上的GPU上,具有良好的可扩展性。