SAGE方法分析永生化BEP2D细胞及α粒子诱发恶性转化BEP2D细胞的基因表达

作     者：葛世丽 李刚 陈伟 楼铁柱 吴德昌 GE Shi-li;LI Gang;CHEN Wei;LOU Tie-zhu;WU De-chang

作者机构：军事医学科学院放射医学研究所北京100850 

出 版 物：《癌症》 (Chinese Journal of Cancer)

年 卷 期：2001年第20卷第1期

页      面：12-17页

核心收录：

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

基　　金：国家重点基础专项经费(G1998051208) 军事医学科学院创新启动基金 

主　　题：基因表达系列分析 BEP2D细胞 SAGE 肺肿瘤 α粒子 

摘      要：目的：采用基因表达系列分析（ｓｅｒｉａｌ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，ＳＡＧＥ）方法，分析永生化ＢＥＰ２Ｄ细胞及α粒子诱发恶性转化ＢＥＰ２Ｄ细胞的基因表达。方法：细胞培养，收获永生化ＢＥＰ２Ｄ细胞及α粒子诱发恶性转化ＢＥＰ２Ｄ细胞；提取细胞总ＲＮＡ，分离ｍＲＮＡ，合成生物素标记的双链ｃＤＮＡ；采用ＳＡＧＥ方法获取标签序列，结合ＵｎｉＧｅｎｅ文库分析标签代表的转录本，最终通过ＳＡＧＥ软件分析标签丰度，比较两组细胞基因表达差异。选取ＳＡＧＥ实验得到的在两组细胞中表达的已知基因Ｓｍａｄ７和 ＣＣＲ１１，以 ＲＴ－ＰＣＲ方法制备探针，用两组细胞等量总ＲＮＡ为样本，做 Ｎｏｒｔｈｅｒｎ ｂｌｏｔ杂交。结果：建立了２个独立的 ＳＡＧＥ文库。一个是１．５ Ｇｙα粒子照射诱发恶性转化ＢＥＰ２Ｄ细胞的ＳＡＧＥ文库，一个是永生化ＢＥＰ２Ｄ细胞ＳＡＧＥ文库。从２个文库中分别挑取克隆５３个、５０个，进行测序，测序一共得到总标签２３３１个，代表单一转录本 ２５２个，有 ７０％的 ＳＡＧＥ标签可找到与之一一对应的基因，有８４个核糖体蛋白基因，约占３３％；有１２个转录本（４．８％）找不到与之理想匹配的已知基因；