肺癌患者不同部位微生物菌群特征的比较研究

作     者：陈佳丽 王静静 李士杰 陈勇 王长军 卓明磊 Chen Jiali;Wang Jingjing;Li Shijie;Chen Yong;Wang Changjun;Zhuo Minglei

作者机构：南开大学医学院天津300071 北京大学肿瘤医院暨北京市肿瘤防治研究所胸部肿瘤内一科、恶性肿瘤发病机制及转化研究教育部重点实验室北京100142 北京大学肿瘤医院暨北京市肿瘤防治研究所内镜中心、恶性肿瘤发病机制及转化研究教育部重点实验室北京100142 中国人民解放军疾病预防控制中心北京100071 

出 版 物：《中国肿瘤临床与康复》 (Chinese Journal of Clinical Oncology and Rehabilitation)

年 卷 期：2024年第31卷第12期

页      面：775-783页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

基　　金：深圳市希合普生物医药研究院肿瘤免疫治疗专项科研课题(CCHRPP-ZL-2023-Q-018) 

主　　题：肺肿瘤 口腔菌群 16S核糖体RNA 中性理论模型 

摘      要：目的 基于16S核糖体RNA(rRNA)扩增子测序技术,比较肺癌患者肺部和口腔菌群构成差异,量化随机过程对肺癌患者肺部、口腔微生物的影响。方法 选取2022年2-9月北京大学肿瘤医院90例肺癌患者作为研究对象,收集患者的唾液样本。提取样本DNA,对细菌基因的16S rRNA V3~V4区扩增后进行测序。基于TNM分期进行不同分期(Ⅰ~ⅢA和ⅢB~Ⅳ)肺癌患者口腔菌群的多样性比较。结合研究前期已有的肺泡灌洗液(BALF)测序数据,使用R4.1.0软件进行BALF和唾液样本中菌群多样性比较、物种组成分析和相对丰度前10的属在组间的差异比较。应用中性理论模型(NCM)量化随机过程对肺癌患者肺部、口腔微生物的影响。结果 不同TNM分期肺癌患者口腔微生物菌群的多样性比较,Ⅰ~ⅢA和ⅢB~Ⅳ2组间Chao1指数和β多样性差异有统计学意义(P0.05)。对肺癌患者肺部和口腔微生物菌群特征进行比较,发现2种来源不同的样本在α和β多样性上差异均有统计学意义(均P0.05)。NCM估计了扩增子序列变体(ASVs)发生频率与其相对丰度变化之间的部分关系,分别在BALF、唾液和2种样本中解释了5.7%、61.7%、41.5%的微生物群落变化。结论 不同样本类型菌群多样性不同。NCM提示随机过程对肺癌患者口腔微生物的影响更大,即口腔微生物的迁移率更高。