基于麦冬转录组数据的SSR序列特征分析及引物设计

作     者：王钧 戴维 赖强龙 叶坤浩 陈杰 冯伦 刘媛 何爱坪 赵丹 WANG Jun;DAI Wei;LAI Qianglong;YE Kunhao;CHEN Jie;FENG Lun;LIU Yuan;HE Aiping;ZHAO Dan

作者机构：绵阳市农业科学研究院/厅市共建作物特色资源创制及应用四川省重点实验室四川绵阳621023 三台县农业农村局四川绵阳621100 

出 版 物：《西北农业学报》 (Acta Agriculturae Boreali-occidentalis Sinica)

年 卷 期：2025年第34卷第2期

页      面：300-308页

核心收录：

学科分类：1008[医学-中药学(可授医学、理学学位)] 10[医学] 

基　　金：四川省科技计划项目(2021YFYZ0012,2021ZHFP0118) 中央本级重大增减支项目:名贵中药资源可持续利用能力建设项目(2060302) 财政部和农业农村部:国家现代农业产业技术体系(CARS-21) 绵阳市农业科学研究院创新基金(Cxjj89) 

主　　题：麦冬 转录组 SSR位点 引物设计 

摘      要：采用高通量测序技术获得了麦冬转录组53466条Unigenes,并通过序列分析识别出35832个SSR位点,分布于24539条Unigenes上,SSR出现频率高达67.02%,平均分布距离为4.88 kb。对包含SSR位点的24539条Unigenes进行GO和KEGG注释,结果显示主要集中于生物学过程、植物-病原体互作等基因功能和代谢通路。从SSR重复基元类型来看,单核苷酸重复数目最多,占比57.06%,其中A/T为绝对优势类型,有20193个;五核苷酸重复平均分布距离最高,为4069.34 kb。从重复次数来看,基元重复10次以上的类型数目最多,有20849个,占比61.69%。随机挑选30个不同类型的SSR基元位点并设计引物,对川麦冬、浙麦冬基因组DNA进行PCR扩增,结果显示28对引物可以在两个栽培种中扩增出条带,其中16对引物可扩增出目的条带。