鳙体型差异个体转录组与miRNA的联合分析

作     者：邓玉婕 朱文彬 傅建军 罗明坤 王兰梅 梁政远 董在杰 

作者机构：上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心农业农村部淡水渔业与种质资源利用重点实验室 无锡瑞顺水产养殖科技有限公司 

出 版 物：《水产学报》 (Journal of Fisheries of China)

年 卷 期：2025年第49卷第1期

页      面：53-65页

核心收录：

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：国家大宗淡水鱼产业技术体系专项(CARS-45) 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心基本科研业务费专项(2023JBFZ02,2023JBFM07) 

主　　题：鳙 体型 骨骼发育 差异表达基因 差异表达miRNA 

摘      要：[目的]探究影响鳙体型差异的分子机制。[方法]本实验以正常鳙个体(CK组)和缩骨鳙个体(PG组)为研究对象,进行转录组和miRNA测序分析。[结果]共获得25 327个Unigenes和8 325个miRNA,鉴定到930个差异表达基因(DEGs)和146个差异表达miRNA (DEMs),包括473个上调和457个下调基因,44个上调和102个下调miRNA。对DEGs和DEMs的靶基因联合分析,获得了140个重复基因,功能富集到细胞周期(ko04110)、DNA复制(ko03030)、黏着斑(ko04510)和ECM受体相互作用(ko04512)等信号通路。其中,鉴定到如exo1、mcm4、ccna2、smc2和ccna2等16个参与骨骼形成发育的基因,推测可能与鳙的体型差异形成有关。此外,通过mRNA-miRNA网络互作分析,挖掘到如apob、tgfbr2a和col2a1b等基因,miR-34a-5p、miR-252a和miR-6 547-5p等miRNAs;分析上述基因可能在调控和维持鳙的体型中发挥作用。实时荧光定量PCR(qPCR)实验发现,表达差异趋势与RNA-Seq和sRNA-Seq数据结果一致。[结论]研究发现的DEGs、DEMs和富集到的代谢通路可能与鳙的缩骨体型差异存在关联,实验结果可为后续深入揭示鳙影响体型差异的分子机制提供基础数据。