基于全基因组重测序技术探究亚洲草鱼遗传多样性及其适应机制

作     者：谢玲莉 沈玉帮 桂朗 徐晓雁 李家乐 

作者机构：上海海洋大学农业农村部淡水水产种质资源重点实验室 上海海洋大学水产养殖工程研究中心 上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心 

出 版 物：《水产学报》 (Journal of Fisheries of China)

年 卷 期：2025年第49卷第1期

页      面：38-52页

核心收录：

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：现代农业产业技术体系(CARS-45-03) 

主　　题：草鱼 全基因组重测序 遗传多样性 选择清除 

摘      要：【目的】探讨亚洲地区草鱼种群的遗传多样性和适应性进化，以期全面理解草鱼的遗传资源和免疫适应的分子进化机制。【方法】对来自中国4个省、直辖市的5个种群(沅江种群、安乡种群、万州种群、天津种群和肇庆种群)及与中国相邻的3个亚洲国家(尼泊尔、越南、印度)种群共计8个草鱼种群进行全基因组重测序。采用群体遗传学方法进行分析，包括群体结构、主成分分析、系统进化树、遗传分化指数和选择清除分析。【结果】实验共检测到6 548 523个SNP位点，这些位点主要分布在基因间区，并在细胞黏附分子、造血干细胞、DNA重组修复等信号通路中富集。万州种群的遗传多样性最高，尼泊尔种群的遗传多样性最低。聚类分析发现，越南与中国5个种群间表现出较高的遗传相似性。选择清除分析鉴定到的受选择基因主要富集在免疫反应调节、心肌细胞调节、钠离子通道等信号通路。结合SNP注释信息，在印度和尼泊尔种群中发现受选择基因gimap8，该基因在T细胞和B细胞发育过程中发挥重要作用。【结论】中国安乡、沅江、万州草鱼种群遗传多样性丰富，尼泊尔和印度与其他种群草鱼在遗传分化上有明显差异，初步筛选出了gimap8等潜在适应性基因。本研究为进一步探讨草鱼在不同生境下的分子进化机制奠定了基础。