上海市浦东新区腹泻肠集聚性大肠埃希菌基因组特征及系统发育分析

作     者：崔琪奇 陆宇辰 吴苏平 张胤雯 赵冰 潘丽峰 郑英杰 郝莉鹏 

作者机构：上海市浦东新区疾病预防控制中心 复旦大学浦东预防医学研究院 复旦大学公共卫生学院流行病学教研室 中国人民解放军94969部队 

出 版 物：《上海预防医学》 (Shanghai Journal of Preventive Medicine)

年 卷 期：2025年

学科分类：1010[医学-医学技术（可授医学、理学学位）] 10[医学] 

基　　金：上海市浦东新区卫健委青年科技项目(PW2021B-03) 上海市加强公共卫生体系建设三年行动计划(2023-2025年)重点学科(GWVI-11.1-02-传染病学) 上海市浦东新区疾病预防控制中心(复旦大学浦东预防医学研究院)专项科技项目(YJY-2024-09) 

主　　题：肠集聚性大肠埃希菌 全基因组测序 泛基因组 分子特征 系统进化 

摘      要：目的 了解上海市浦东新区腹泻肠集聚性大肠埃希菌（EAEC）临床分离株的全基因组特征及系统发育关系。方法 基于上海市浦东新区腹泻监测网，2015年1月至2019年12月间自腹泻门诊病例粪便样本分离到55株EAEC并进行全基因组测序；基于下机数据分析其基因组大小、编码基因、散在重复序列、基因岛、蛋白质编码区等基因组分并进行泛基因组分析，基于contigs序列分析其血清型、耐药基因、毒力因子等分子特征；鉴定其系统进化群、多位点序列型别并构建系统进化树。结果 EAEC基因组特征呈现出菌株多样性。EAEC具有开放型泛基因组。浦东新区腹泻EAEC优势血清型为O130：H27，β-内酰胺类耐药基因菌株携带率最高（67.27%，37/55），共筛选出29种毒力因子、106种毒力基因，B1群是主要的系统发育群，CC31群为优势克隆群，菌株分布呈现高度异质性。结论 EAEC菌株基因组多态性特征较为突出，针对不同血清型和基因型的EAEC感染，需要制定有效的鉴别诊断的策略和提高检测能力。