2019年云南省昆明市1株埃可病毒11型分离株的全基因序列分析

作     者：刘煜菡 张名 陈俊薇 郭伟 冯昌增 马绍辉 LIU Yuhan;ZHANG Ming;CHEN Junwei;GUO Wei;FENG Changzeng;MA Shaohui

作者机构：中国医学科学院、北京协和医学院、医学生物学研究所云南昆明650106 自贡市疾病预防控制中心四川自贡643000 云南大学生命科学院云南昆明650091 

出 版 物：《中国生物制品学杂志》 (Chinese Journal of Biologicals)

年 卷 期：2025年第38卷第1期

页      面：48-52页

学科分类：1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

基　　金：云南省科技计划项目(202202AA100016) 云南省创新团队项目(202301AT070367) 

主　　题：肠道病毒 埃可病毒11型 全基因组 序列分析 

摘      要：目的对从2019年云南省昆明市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患者的粪便样品分离获得的1株埃可病毒11型(echovirus 11,E-11)毒株进行全基因组测序及遗传特性分析,为E-11的预防和控制提供参考。方法利用Vero细胞进行病毒分离,提取细胞病变产物的RNA进行RT-PCR并测序,使用MEGA 7.0、Geneious 10.0和Simplot 3.5.1等软件对分离的毒株进行全基因组序列分析。结果19V30322/YN/CHN/2019分离株经测序比对为E-11,与近年来中国广东和湖北的E-11流行株属于同一基因型D的D5亚型,全长为7434 nt,编码1个2195氨基酸的多聚蛋白。19V30322与国内分离的E-11分离株核苷酸序列相似性为81.8%~98.3%,氨基酸序列相似性为94.5%~99.3%,并在进化过程中与柯萨奇病毒A组10型、E-6、柯萨奇病毒B组4型和柯萨奇病毒B组5型发生重组。结论19V3/YN/CHN/2019分离株为E-11的D5亚型,是1株重组株。