基于WGCNA分析挖掘调控莱芜猪肉色相关基因

作     者：任一帆 赵雪艳 张大龙 王彦平 李菁璇 王继英 REN Yifan;ZHAO Xueyan;ZHANG Dalong;WANG Yanping;LI Jingxuan;WANG Jiying

作者机构：山东省农业科学院畜牧兽医研究所/山东省畜禽疫病防治与繁育重点实验室/农业农村部畜禽生物组学重点实验室济南250100 济南市农业科学研究院济南250316 

出 版 物：《中国农业大学学报》 (Journal of China Agricultural University)

年 卷 期：2025年第30卷第3期

页      面：153-165页

核心收录：

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

基　　金：山东省重点研发计划(2022LZGC003,2022LZGCQY007) 山东省生猪产业技术体系(SDAIT-08-03) 山东省农业科学院农业科技创新工程(CXGC2023A23) 

主　　题：莱芜猪 肉色 转录组测序 WGCNA 

摘      要：为筛选影响莱芜猪肉色的关键候选基因,本研究利用莱芜猪转录组数据,通过加权基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)对33头莱芜猪测定了45 min及24 h的肉色(包括L、a、b),对其背最长肌样本开展了转录组测序,挖掘影响猪肉色的关键基因。结合转录组数据和表型数据利用R语言WGCNA软件包开展了WGCNA分析,在剔除2个离群样本后利用31个样本数据构建基因共表达网络,筛选目标模块及模块中的关键基因。结果表明:1)通过WGCNA分析,共获得20个共表达模块,其中4个模块与2个及以上肉色性状显著相关(|相关性系数|≥0.35且显著性P0.85且基因表达量与至少2个肉色性状的相关性系数绝对值0.3为标准筛选目标模块基因,并将筛选到的基因进行蛋白互作分析,最终从4个模块中筛选到8个影响肉色的候选基因MYO9A、NDUFA13、COX5B、MRPL12、RPL8、ROBO4、EGFL7和CIDEC。综上,本研究通过WGCNA分析鉴别到影响肉色的4个目标模块及8个候选基因,为猪肉色分子调控机制研究与肉色育种改良奠定了理论基础。