中国南瓜bHLH转录因子家族的鉴定与生物信息学分析

作     者：李彩霞 李艺 穆宏秀 林俊轩 白龙强 孙美华 苗妍秀 LI Cai-xia;LI Yi;MU Hong-xiu;LIN Jun-xuan;BAI Long-qiang;SUN Mei-hua;MIAO Yan-xiu

作者机构：山西农业大学园艺学院太谷030801 山西省设施蔬菜提质增效协同创新中心太谷030801 

出 版 物：《生物技术通报》 (Biotechnology Bulletin)

年 卷 期：2025年第41卷第1期

页      面：186-197页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 0901[农学-作物学] 0902[农学-园艺学] 090102[农学-作物遗传育种] 090202[农学-蔬菜学] 

基　　金：山西省重点研发计划项目(202102140601013) 山西省基础研究计划青年科学研究项目(20210302124242) 

主　　题：中国南瓜 bHLH 理化性质 系统进化树 组织表达模式 盐胁迫表达模式 

摘      要：【目的】基于中国南瓜全基因组数据,鉴定中国南瓜bHLH转录因子家族成员并分析其理化性质和结构等,为中国南瓜bHLH转录因子家族的生物学功能研究提供理论支撑。【方法】利用NCBI和中国南瓜基因组数据库等对中国南瓜bHLH基因家族进行鉴定,利用ExPASy ProtParam tool、DNAMAN和MAGA5.1等软件进行基本理化性质、系统进化、保守基序、启动子作用元件和表达模式等生物信息学分析。【结果】在中国南瓜全基因组中共鉴定出153个CmobHLHs基因,不均等地分布在20条染色体上。CmobHLH蛋白质含有91-897个氨基酸,理论等电点介于4.77-10.33;亚细胞定位预测表明有139个CmobHLH蛋白位于细胞核;系统进化分析将CmobHLH蛋白分为8个亚家族;保守基序(motif)预测结果表明,中国南瓜共含10条motif,其中motif1和motif2普遍存在于153个bHLH蛋白中。CmobHLHs在中国南瓜的各个部位均有表达,CmobHLH41、CmobHLH5、CmobHLH36和CmobHLH88分别在果实、叶片、茎和根中表达量最高;盐胁迫下,100个CmobHLHs基因表达量上调,49个CmobHLHs基因表达量下调。RT-q PCR结果表明盐胁迫下CmobHLH52和CmobHLH148基因表达量显著上调,而CmobHLH8、CmobHLH83、CmobHLH93和CmobHLH115基因表达量显著下调,与转录组结果基本一致。【结论】鉴定出153个CmobHLHs基因,家族成员在不同部位和盐胁迫下的表达模式存在差异,为挖掘南瓜bHLH转录因子在抗盐等方面的功能提供理论基础。