基于Nanopore技术的马铃薯甲虫全长转录组测序研究

作     者：李红卫 张柳 李彤 丁晓宇 于艳雪 Li Hongwei;Zhang Liu;Li Tong;Ding Xiaoyu;Yu Yanxue

作者机构：中国检验检疫科学研究院北京100176 山东农业大学植物保护学院 平谷海关 

出 版 物：《植物检疫》 (Plant Quarantine)

年 卷 期：2025年第39卷第1期

页      面：1-7页

学科分类：09[农学] 0904[农学-植物保护] 

基　　金：中国检验检疫科学研究院基本科研业务费项目(2022JK09) 

主　　题：马铃薯甲虫 全长转录组 转录因子 简单重复序列 长链非编码RNA 第三代测序技术 纳米孔测序 

摘      要：为深度挖掘马铃薯甲虫的转录组信息与功能基因,本研究采用Nanopore测序技术,针对马铃薯甲虫触角混合组织展开全长转录组测序,成功构建了该物种的全长转录本文库。在研究过程中,通过对转录组数据进行生物信息学分析,完成可变剪接分析、长链非编码RNA鉴定预测分析、新转录本功能注释分析以及转录本的表达量等工作。通过对全长转录本数据进行统计分析,所产出的样品数据clean data达20.24 GB,测序样本质量值达到Q11,共获得全长序列个数为20 278 877。通过对转录本进行基因结构分析,发现5个可变剪切类型中最多的为可变转录终止位点(占比29.21%),新预测的长链非编码RNA数量共有620个,主要为基因间lncRNA (62.4%),共完成了9 622个新转录本功能的注释。本研究可为进一步了解马铃薯甲虫的生物学特性、基因功能研究等提供理论基础。