福尔马林固定石蜡包埋组织样本的蛋白质组制备技术研究

作     者：陆澳 孟波 赵佳威 廖焕玥 叶子弘 方向 赵洋 LU Ao;MENG Bo;ZHAO Jia-Wei;LIAO Huan-Yue;YE Zi-Hong;FANG Xiang;ZHAO Yang

作者机构：中国计量大学生命科学学院 中国计量科学研究院前沿计量科学中心国家市场监管技术创新中心(质谱) 

出 版 物：《分析化学》 (Chinese Journal of Analytical Chemistry)

年 卷 期：2025年第53卷第1期

页      面：84-98页

核心收录：

学科分类：081703[工学-生物化工] 081704[工学-应用化学] 07[理学] 08[工学] 0817[工学-化学工程与技术] 070302[理学-分析化学] 0703[理学-化学] 0836[工学-生物工程] 

基　　金：科技基础资源调查专项项目(No.2022FY101202) 国家重点研发计划项目(No.2022YFF0608404) 国家自然科学基金项目(No.21927812) 中国计量科学研究院基本业务费重点项目(No.AKYZD2111)资助 

主　　题：福尔马林固定石蜡包埋样本 样本制备 蛋白质组 质谱 液相色谱-串联质谱联用 

摘      要：基于不同的脱蜡液（Triton X-100和二甲苯）、裂解液（TFE和RapiGest）以及酶切方案（iST、SP3和FASP），通过正交实验设计了12种福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织样本的蛋白质组前处理技术方案，探索了FFPE蛋白质组样本制备的最佳实验条件。从蛋白质和肽段的鉴定深度、鉴定稳定性和蛋白丰度的定量水平等方面进行了系统性评估，研究结果显示，Triton X-100脱蜡液和二甲苯对蛋白质组的鉴定影响较小，而TFE裂解液和iST酶切方案均能显著提升FFPE组织样本的蛋白质组分析水平。鉴于二甲苯具有的潜在毒性，最终确定以Triton X-100脱蜡液、TFE裂解液和iST酶切方案为基础的TTI技术方案为最优选择。此方案显示了最佳的重复性和稳定性，同时能够鉴定更多与重要生物学功能相关的特异性蛋白质。本研究建立的TTI技术方案为FFPE组织样本的蛋白质组分析提供了一种高效且全面的方法，显著提升了样本的蛋白质组鉴定的重复性和稳定性。