一种由代谢方程构建网络的方法及其实现

作     者：何胜 吴访升 潘瑜 徐明亮 杨莉 李炜疆 He Sheng;Wu Fangsheng;Pan Yu;Xu Mingliang;Yang Li;Li Weijiang

作者机构：江苏技术师范学院计算机科学与工程学院江苏常州213001 无锡城市职业技术学院电子信息系江苏无锡214063 江南大学生物工程学院江苏无锡214122 

出 版 物：《计算机与应用化学》 (Computers and Applied Chemistry)

年 卷 期：2011年第28卷第9期

页      面：1199-1202页

核心收录：

学科分类：0831[工学-生物医学工程（可授工学、理学、医学学位）] 0711[理学-系统科学] 07[理学] 08[工学] 

基　　金：江南大学工业生物技术教育部重点实验室开放课题(KLIB-KF200903) 江苏技术师范学院科研启动基金项目(KYY10059) 

主　　题：代谢方程 代谢网络 可视化 

摘      要：代谢网络的拓扑结构分析和可视化是系统生物学研究的热点。如何自动合理地由数量众多的代谢方程构建代谢网络是研究者首先面临的问题。基于二部图模型,采用节点唯一化和忽略高度节点策略,提出一种由代谢方程直接构建代谢网络的方法,并给出MATLAB实现步骤,最后使用生物网络模拟软件可视化生成的代谢网络,结果表明这种方法能用来构建复杂代谢网络,并具有较好展现网络模块和拓扑结构的特点,适用于由大量代谢反应方程自动构建复杂代谢网络的一般应用需求。该方法的MATLAB源码和说明文档可以通过http://***/在线获得。