牛CRP2基因SNPs筛查及生物信息学分析

作     者：杨永强 龚俞 焦仁刚 惠嫣婷 刘若余 YANG Yong-qiang;GONG Yu;JIAO Ren-gang;HUI Yan-ting;LIU Ruo-yu

作者机构：贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025 贵州省畜牧技术推广站贵州贵阳550001 

出 版 物：《西南农业学报》 (Southwest China Journal of Agricultural Sciences)

年 卷 期：2012年第25卷第5期

页      面：1900-1903页

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

基　　金：贵州省重大科技专项计划项目“牛羊基因定位及标记辅助选择研究”[黔科合重大专项字(2011)6009] 

主　　题：CRP2 DNA池 务川黑牛 贵州荷斯坦奶牛 SNPs 

摘      要：为遗传效应分析及CRP2基因对牛生长调控的功能研究奠定基础,选取生长发育性状差异明显的务川黑牛和贵州荷斯坦奶牛构建DNA池,设计1对引物分别扩增2个牛种CRP2基因第6外显子序列和部分3’-UTR(总长724 bp),切胶回收后对PCR产物进行双向测序,进行不同牛种CRP2基因SNPs筛查。结果表明:在CRP2基因有7个SNPs:T20G,C22G,T151C,T285A,T-157C,G-145A,G-85A,包括3个新的SNP位点(C22G,T-157C,G-85A)。CRP2基因第6外显子编码区有2个SNPs,包含1个错义突变(C22G,Gly→Ala)和1个同义突变(T20G);CRP2基因3’-UTR有2个SNPs(T151C和T285A);CRP2基因内含子区有3个SNPs,分别为T-157C、G-145A和G-85A。T20G、C22G和T151C位点等位基因频率在不同牛种间有较大差异。突变前后CRP2的RNA二级结构和蛋白质二级结构有明显改变,蛋白质三级结构无明显差异。