三色堇酪氨酸脱羧酶基因的克隆及其生物信息学分析

作     者：杨文汉 曾媛 李霆格 赵安瑾 王健 Yang Wenhan;Zeng Yuan;Li Tingge;Zhao Anjin;Wang Jian

作者机构：海南大学园艺园林学院热带作物种质资源保护与开发利用教育部重点实验室海口570228 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2016年第14卷第11期

页      面：3002-3010页

核心收录：

学科分类：090706[农学-园林植物与观赏园艺] 0907[农学-林学] 09[农学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(31060265 31260488) 海南大学中西部计划学科建设项目(ZXBJH-XK008)共同资助 

主　　题：三色堇酪氨酸脱羧酶(TYDC) 基因克隆 生物信息学 

摘      要：本研究以三色堇(Viola×wittrockiana Gam)为研究材料,采用RT-PCR和RACE等方法克隆可能与其花色形成相关的酪氨酸脱羧酶基因(Tyrosine decarboxylase),并对基因全长进行氨基酸序列的生物信息学分析。结果从三色堇中分离克隆出c DNA全长为1 634 bp的TYDC1和1 575 bp的TYDC2两个同源基因,包含相同的且长度为1 485 bp,编码494个氨基酸的开放阅读框;氨基酸多重序列比对和聚类分析结果表明:三色堇中的TYDC基因编码氨基酸和其他植物相关基因的一致性可达到82.43%,且与麻疯树的亲缘关系较近,达到73%;对TYDC蛋白的结构进行预测发现,TYDC蛋白是一种亲水性的不稳定蛋白,也是一种存在跨膜区域且不存在信号肽的非分泌蛋白;通过亚细胞定位预测分析表明该蛋白主要在细胞核和细胞质中表达。本研究为揭示三色堇TYDC蛋白的结构功能务实了基础,为进一步研究和验证该基因在三色堇中的表达提供理论依据。