铜绿假单胞菌噬菌体PaP3基因组测序

作     者：张克斌 金晓琳 朱军民 胡晓梅 饶贤才 胡福泉 

作者机构：第三军医大学基础医学部微生物学教研室重庆市微生物工程重点实验室重庆400038 

出 版 物：《第三军医大学学报》 (Journal of Third Military Medical University)

年 卷 期：2002年第24卷第4期

页      面：378-380页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 07[理学] 071007[理学-遗传学] 071005[理学-微生物学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金资助项目 (3 0 0 70 0 3 7) 重庆市攻关课题资助项目(2 0 0 0 ) 

主　　题：铜绿假单胞菌 噬菌体 基因组测序 PaP3 

摘      要：目的 对新分离的铜绿假单胞菌dsDNA溶原性噬菌体PaP3进行基因组测序。方法 用CsCl梯度离心纯化噬菌体PaP3颗粒 ,提取噬菌体基因组DNA ,建立shot-gun随机文库 ,从文库中随机挑取克隆进行测序并完成序列组装 ,同时通过限制性内切酶图谱结合酶切片段的变性、复性实验分析基因组末端。结果 共进行了 778条序列的测定与拼接 ,测序量达到 1 3 5倍覆盖率 ,得到一条长为 4 42 4 9bp的重叠群 ,此重叠群错误率为 9 4 6ERR 1 0KB ,测序结果和酶切图谱分析表明该PaP3基因组是一 4 42 4 9bp长的线性平端dsDNA分子。其碱基组成为A =2 4 2 4 % ,G =2 6 1 8% ,T =2 3 6 3% ,C =2 5 94 % ;稀有碱基 =0 ;A +T =4 7 87% ,C +G=52 1 3%。结论 噬菌体PaP3基因组是由 4 42 4 9bp组成的线性平端双链DNA分子。测序完成为生物信息学分析和功能基因研究奠定了基础。