用于高通量测序的基因组靶序列捕获方法的建立

作     者：陈丹 张雯 朱智东 黄银 王平 周贝贝 杨晓楠 肖华胜 张庆华 CHEN Dan;ZHANG Wen;ZHU Zhi-Dong;HUANG Yin;WANG Ping;ZHOU Bei-Bei;YANG Xiao-Nan;XIAO Hua-Sheng;ZHANG Qing-Hua

作者机构：上海交通大学医学院附属瑞金医院医学基因组学国家重点实验室上海200025 生物芯片上海国家工程研究中心上海201203 国家人类基因组南方研究中心上海201203 上海交通大学医学院基础医学院病理教研室上海200025 

出 版 物：《遗传》 (Hereditas（Beijing))

年 卷 期：2010年第32卷第12期

页      面：1296-1303页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 08[工学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 0901[农学-作物学] 0836[工学-生物工程] 090102[农学-作物遗传育种] 

基　　金：国家重大科学研究项目(2006CB910402)资助 

主　　题：靶序列捕获 第二代测序 液相杂交 油包水PCR 

摘      要：文章旨在建立一种基因组目标靶序列捕捉文库的方法,并结合第二代测序技术,以实现候选基因区段的深度测序。利用Agilent公司的eArray在线平台,对1250个基因的11824个外显子共2414977bp的基因组序列进行120个碱基长度的捕捉探针(钓饵)设计,并制备成SureSelect液相靶序列捕获试剂。选用2例人基因组DNA,超声打断后末端补平并磷酸化,连接SOLiD接头,回收150bp～200bp的DNA片段,与靶序列探针杂交捕获目标序列,油包水微乳滴PCR扩增后,磁珠分离富集,上SOLiD测序系统通过工作流程分析(WFA)进行文库质量的评价,或正式测序反应。结果显示对所包含的11147个基因外显子片段设计出并合成了46509个捕捉探针,制备成SureSelect试剂盒。探针可有效地捕捉并富集基因组DNA的目标靶片段,定量PCR显示富集效率可达29倍。WFA分析表明文库可以在SOLiD仪器进行正式测序。测序结果显示靶序列区域的测序数占有效总测序数的比例达到70%,覆盖率均在200×以上。结果表明本研究所建立的SureSelect基因组靶序列捕捉、富集建立测序文库的技术路线可行,可直接用于SOLiD测序仪的测序。