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茶树EST序列中微卫星标记的特征分析及应用

Characteristic Analysis and Application of Microsatellites from EST Sequence of Camellia sinensis

作     者:严伟 王婧 丁华 周有祥 赵明明 胡定金 YAN Wei;WANG Jing;DING hua;ZHOU You-xiang;ZHAO Ming-ming;HU Ding-jin

作者机构:湖北省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所武汉430064 

出 版 物:《湖北农业科学》 (Hubei Agricultural Sciences)

年 卷 期:2013年第52卷第24期

页      面:6178-6181页

学科分类:09[农学] 090203[农学-茶学] 0902[农学-园艺学] 

基  金:公益性行业(农业)专项(201203046) 湖北省农业科技创新中心项目(2013-620-000-001) 湖北省农业科学院青年基金项目(2012NKYJJ18) 

主  题:茶树(Camellia sinensis) EST-SSR 分布特征 

摘      要:从NCBI数据库中获得47 913条茶树(Camellia sinensis)EST序列,通过Cd-hit-est除去冗余序列后得到26 185条非冗余序列,利用Misa软件分析后共发现8 244个微卫星标记分布于6 283条EST序列中,平均相隔1.52 kb出现1个SSR,EST-SSR序列出现频率为23.99%。其中,单、二和三核苷酸重复为主导类型,占EST-SSR总数的97.83%。A/T、AG/CT和AAG/CTT作为单、二和三核苷酸的优势重复基元,分别占所属类型的92.99%、85.11%和26.99%。利用Primer 5.0软件,设计了76对引物进行多态性检测,发现其中59对引物可以扩增出明显的条带,34对引物具有多态性,多态性比率高达57.63%,表明茶树EST-SSR中的多态性位点比较丰富,比较适合进行大规模的EST-SSR多态性标记的筛选。

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