SARS-CoV、SARSL-CoV与其他冠状病毒的种系发生分析

作     者：朱静媛 李庆波 丁记者 何剑锋 徐德忠 段广才 ZHU Jing-yuan;LI Qing-bo;DING Ji-zhe;HE Jian-feng;XU De-Zhong;DUAN Guang-cai

作者机构：郑州大学公共卫生学院环境卫生学教研室河南郑州450001 广东省疾病预防控制中心传染病预防控制所广东广州511430 第四军医大学预防系流行病学教研室陕西西安710032 新乡医学院河南省分子诊断与医学检验技术协同创新中心河南新乡453003 

出 版 物：《中华疾病控制杂志》 (Chinese Journal of Disease Control & Prevention)

年 卷 期：2016年第20卷第2期

页      面：107-111,128页

学科分类：0710[理学-生物学] 1004[医学-公共卫生与预防医学(可授医学、理学学位)] 07[理学] 071007[理学-遗传学] 100401[医学-流行病与卫生统计学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金(81373059) 

主　　题：SARS病毒 冠状病毒科 系统分析 

摘      要：目的分析不同流行时段重症急性呼吸综合征冠状病毒(severe acute respiratory syndromes coronavirus,SARS-CoV)病毒株与重症急性呼吸综合征样冠状病毒(severe acute respiratory syndromes like coronavirus,SARSLCoV)及其他冠状病毒的分子进化关系。方法从美国国立生物技术信息中心获取不同分离时段的SARS-CoV(9条)、所有SARSL-CoV(24条)、其他冠状病毒(26条)的全基因组序列,用Clustal X 2.1软件进行多重序列比对,用邻接法(neighbor-joining,NJ)MEGA 6.0软件构建系统进化树。结果在包含SARS-CoV、SARSL-CoV和其他冠状病毒基因组序列的不同数据集中,流行早、中期SARS-CoV与流行末期毒株的基因组序列均分别属于不同的分支;以流行早、中期SARS-CoV为根的有根树显示,流行末期SARS-CoV遗传距离最远,而与SARSL-CoV和其他冠状病毒遗传距离更接近。结论流行末期SARS-CoV与流行早、中期SARS-CoV遗传差异大,且可能存在逆向/返祖进化。