寨卡病毒亚洲型与非洲型基因同源性及重组分析

作     者：林垚 文送娇 洪珊 王晓丹 席珏敏 陈俊英 潘玥 叶超 孙强明 LIN Yao;WEN Song-jiao;HONG Shan;WANG Xiao-dan;XI Jue-min;CHEN Jun-ying;PAN Yue;YE Chao;SUN Qiang-ming

作者机构：中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室云南昆明650118 云南省虫媒传染病防控研究重点实验室云南普洱665000 

出 版 物：《中国生物制品学杂志》 (Chinese Journal of Biologicals)

年 卷 期：2018年第31卷第12期

页      面：1317-1321页

学科分类：07[理学] 08[工学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 090102[农学-作物遗传育种] 0710[理学-生物学] 1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 0901[农学-作物学] 0836[工学-生物工程] 10[医学] 

基　　金：国家十二五重大新药创新科技重大专项(2012ZX09104302) 国家自然科学基金面上项目(81171946) 云南省科技厅应用基础重点项目(2016FA029) 云南省科技厅联合支持国家科技计划项目(2013GA018) 中国医学科学院创新工程项目(2016-I2M-1-19) 云南自然科学基金项目(2012FB188) 

主　　题：寨卡病毒 亚洲型 非洲型 C蛋白 前膜蛋白 氨基酸序列 

摘      要：目的分析寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)亚洲型与非洲型基因组核苷酸序列同源性及结构蛋白C、前膜蛋白(pre-membrane,pr M)核苷酸和氨基酸序列差异,并探讨了ZIKV亚洲型和非洲型位点突变可能产生的后果。方法在GenBank中登录的ZIKV亚洲型和非洲型序列中,分别选择5个不同的全长基因组序列,并获得其相应的氨基酸序列,采用BIOEDIT软件进行比对,分析相似度,统计不同型别间结构蛋白C、prM的核苷酸突变和氨基酸替代位点,并采用SimPlot软件分析两个型别间的同源重组。结果 ZIKV亚洲型与非洲型的核苷酸相似性在88. 00%~89. 00%之间;不同型别的结构蛋白C和prM碱基的突变比较显示,C基因共有19个碱基突变,prM基因共有48个碱基突变;氨基酸翻译比对显示,这67个碱基突变均为有效突变。两个型别结构蛋白C和prM编码的289个氨基酸中,占组成比例最多的均为亮氨酸(L),同源重组分析亚洲型与非洲型一致性较高,无重组信号。结论通过对ZIKV亚洲型与非洲型的结构蛋白C、pr M核苷酸序列、氨基酸的比较分析及同源重组分析,为研究ZIKV不同基因型间的生物学和致病性差异提供参考。