紧密连接蛋白claudin-8基因5'调控区序列的生物信息学分析

作     者：周雯 蔡望伟 周代锋 王青松 ZHOU Wen;CAI Wangwei;ZHOU Daifeng;WANG Qingsong

作者机构：海南医学院组织胚胎学教研室海口571101 海南医学院生物化学与分子生物学教研室 

出 版 物：《滨州医学院学报》 (Journal of Binzhou Medical University)

年 卷 期：2012年第35卷第6期

页      面：415-418页

学科分类：1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 10[医学] 

基　　金：海南省自然科学基金(310052) 海南医学院重点学科建设项目基金(生物化化) 海南医学院博士后科研启动基金资助 

主　　题：紧密连接蛋白 claudin-8 5’调控区 生物信息学 

摘      要：目的研究紧密连接蛋白claudin-8基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法利用BLAST比对获得claudin-8基因5 调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件NeuralNetwork Promoter Prediction和PROMOTER 2.0分析claudin-8基因5 调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS和CpGIsland Searcher分析claudin-8基因5 调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析claudin-8基因5 调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果 claudin-8基因5 调控区序列中存在2个CAAT-box,无TATA-box和GC-box;clau-din-8基因可能存在6个启动子位点;CpG岛为148 bp(379 bp-526 bp)、64 bp(1662 bp-1725 bp)、319 bp(296 bp-614 bp)。结果显示评分在85分以上(Score Threshold:85.0)时,该区域具有498个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上(ScoreThreshold:90.0)时,该区域具有221个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上(Score Threshold:95.0)时,该区域具有98个潜在的转录因子结合位点;评分在100分(Score Threshold:99.0)时,该区域具有37个潜在的转录因子结合位点。结论通过生物信息学的方法对于claudin-8基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义。