H22肿瘤细胞aptamer的筛选与结构分析

作     者：周宇凡 张桂梅 冯作化 袁野 张志仁 

作者机构：重庆医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室重庆400016 华中科技大学同济医学院生物化学与分子生物学教研室武汉430030 

出 版 物：《重庆医科大学学报》 (Journal of Chongqing Medical University)

年 卷 期：2006年第31卷第6期

页      面：841-844,909页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

主　　题：H22肿瘤细胞 SELEX Aptamer 

摘      要：目的:获得与H22肿瘤细胞特异性结合的aptamer。方法:利用SELEX技术,以小鼠DC细胞为反筛选细胞,以H22肿瘤细胞为靶细胞,从体外合成的80bp随机单链DNA文库中筛选出能与H 22肿瘤细胞特异结合的aptamer。采用荧光标记引物法检测aptamer与H 22肿瘤细胞的亲和力。所获得的aptamer采用MACAWv2.05软件进行aptamer序列的一级结构同源序列比较,用DNASIS v2.5软件计算分析序列最低二级结构能量值,获得其二级结构模拟图。结果:本实验设计的文库序列:5′-CGTCGCTGCACATTCCG-N46-CGCACAGCTGGGA GTAC-3′具有较高的扩增效率,适合于aptamer与以细胞为靶物质的筛选。经过11轮循环筛选,随机单链DNA文库与靶细胞结合的荧光强度从1%上升到59%,结合曲线进入平台期,表明结合已基本处于稳定状态,因此可以判断aptamer与靶细胞的结合基本已经处于饱和状态。对所获得的32个aptam er进行测序,然后进行一级结构和二级结构分析。一级结构分析获得5个保守序列:AGGGA、AGAAGG、GTGAXAA、ATAGT、CAAGG,其余10个aptamer无同源序列。二级结构分析表明,aptamer形成的茎环、凸环结构可能是与H 22肿瘤细胞特异性结合的结构基础。亲和力检测结果表明第24号aptamer具有最强的亲和力。结论:利用随机单链寡核苷酸文库成功获得与H22肿瘤细胞特异结合的aptamer,其一级和二级结构与亲和力密切相关。