黄麻全基因组SSR鉴定与特征分析

作     者：姚嘉瑜 张立武 赵捷 徐益 祁建民 张列梅 YAO Jia-Yu;ZHANG Li-Wu;ZHAO Jie;XU Yi;QI Jian-Min;ZHANG Lie-Mei

作者机构：福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室/作物科学学院福建福州350002 福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心福建福州350002 

出 版 物：《作物学报》 (Acta Agronomica Sinica)

年 卷 期：2019年第45卷第1期

页      面：10-17页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0901[农学-作物学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(31771369) 国家现代农业产业技术体系建设专项(CARS-19-E06) 农业部东南黄红麻实验观测站(农科教发2011) 福建省麻类种质资源共享平台(2010N2002)资助 

主　　题：黄麻 基因组 cDNA SSR 

摘      要：黄麻是世界上重要的天然韧皮部纤维作物之一。然而, SSR标记的缺乏限制了黄麻的遗传改良。本研究从圆果种黄麻测序品种CVL-1的基因组、基因、CDS和cDNA中挖掘SSR信息,利用SSR Primer软件查找SSR位点,并分析其分布特征。结果表明,基于基因组序列共开发了153,242个基因组SSR,平均密度为467.20个SSRMb^(–1);基于cDNA序列开发了10,747个SSR,平均密度为260.85 SSR Mb^(–1)。大部分重复基元为二至四核苷酸,占76.91%,其中cDNA序列SSR中三核苷酸重复基元数量较多而基因组SSR中二核苷酸重复基元数量较多。对于不同类型的SSR重复基元,随着重复单元数量的增加,其基因组和cDNA的SSR分布频率呈现逐步降低特征。黄麻全基因组SSR标记鉴定,不仅可以丰富黄麻分子标记的数量,而且为剖析黄麻重要农艺性状的遗传机制奠定基础。