基于多组学数据构建肺腺癌预后相关风险预测模型

作     者：李鑫 魏锣沛 吕章艳 冯小双 李江 陈宏达 温艳 高禹舜 薛奇 高树庚 谭锋维 Li Xin;Wei Luopei;Lu Zhangyan;Feng Xiaoshuang;Li Jiang;Chen Hongda;Wen Yan;Gao Yushun;Xue Qi;Gao Shugeng;Tan Fengwei

作者机构：国家癌症中心/国家肿瘤临床医学研究中心/中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院癌症早诊早治办公室北京100021 国家癌症中心/国家肿瘤临床医学研究中心/中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院胸外科北京100021 

出 版 物：《南京医科大学学报（自然科学版）》 (Journal of Nanjing Medical University(Natural Sciences))

年 卷 期：2018年第38卷第12期

页      面：1819-1825页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

基　　金：国家重点研发计划(2018YFC1315000 2017YFC0907900 2016YFC1302500 2016YFC0905400) 国家自然科学基金(81871885 81673265) 中央保健专项资金(W2017BJ39) 北京协和医学院协和青年科研基金(2017320013) 北京市科技计划首都临床特色应用研究(Z181100001718212) 中国医学科学院医学与健康科技创新工程(2017-I2M-1-005) 中国医学科学院肿瘤医院院所科研课题(LC2017A01 LC2017D01) 北京市优秀人才培养资助(2017000021223TD05) 

主　　题：肺腺癌 SNP mRNA 预后 TCGA 

摘      要：目的:通过整合肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)临床信息组、基因组和转录组的多组学信息,构建预后相关风险预测模型,为肺腺癌患者的预后风险预测提供依据。方法:通过肿瘤基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)网站下载522例肺腺癌患者数据,完成肺腺癌患者多组学数据库构建。对经过质量控制的数据库,采用Cox比例风险模型评价多组学数据对LUAD预后的影响,构建基于临床信息、基因分型和基因表达多组学信息的预后风险预测模型,并使用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线和曲线下面积(area under curve,AUC)评估预后模型风险识别的能力。结果:共386例肺腺癌患者纳入多组学数据库,分别筛选出1个临床信息组、5个基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)和4个转录组mRNA预后相关特征因素与肺腺癌的预后相关。与肺腺癌低风险组相比,高风险组患者较低风险组的预后更差(HR=3.67,95%CI=2.46～5.49,P=1.96×10-10),联合基因组、转录组与临床信息构建多组学预后指数后,其ROC曲线下面积为0.694(95%CI=0.633～0.754)。结论:采用联合临床信息组、基因组和转录组特征的多组学信息构建的预后风险预测指数可有效区分肺腺癌患者预后好坏,其研究结果将为肺腺癌患者的精准治疗提供有效支撑。