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基于进化保守性的蛋白质相互作用位点预测

Prediction of protein interaction sites using information of evolutionary conservation

作     者:程节华 程家兴 杜秀全 CHENG Jie-hua;CHENG Jia-xing;DU Xiu-quan

作者机构:安徽大学计算智能与信号处理教育部重点实验室安徽合肥230039 安徽科技学院计算机系安徽凤阳233100 

出 版 物:《计算机工程与设计》 (Computer Engineering and Design)

年 卷 期:2011年第32卷第5期

页      面:1833-1836页

学科分类:081203[工学-计算机应用技术] 08[工学] 0835[工学-软件工程] 0812[工学-计算机科学与技术(可授工学、理学学位)] 

基  金:安徽省高校自然科学研究基金项目(KJB2007B159) 

主  题:蛋白质相互作用位点 进化保守性 序列谱 支持向量机 蛋白质结构数据库 

摘      要:为了从蛋白质结构数据库中提取经验知识,进行蛋白质作用位点预测,提出了以蛋白质序列谱作为特征向量,采用支持向量机算法进行训练和预测蛋白质相互作用位点的方法。从蛋白质一级序列出发,以序列上邻近残基的序列谱为输入特征向量,采用支持向量机方法构建预测器,来预测蛋白质相互作用位点,预测精度达到70.47%,相关系数CC=0.1919。实验结果表明,利用蛋白质序列谱,结合支持向量机算法进行蛋白质相互作用位点预测的方法是有效的。

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