基于进化保守性的蛋白质相互作用位点预测

作     者：程节华 程家兴 杜秀全 CHENG Jie-hua;CHENG Jia-xing;DU Xiu-quan

作者机构：安徽大学计算智能与信号处理教育部重点实验室安徽合肥230039 安徽科技学院计算机系安徽凤阳233100 

出 版 物：《计算机工程与设计》 (Computer Engineering and Design)

年 卷 期：2011年第32卷第5期

页      面：1833-1836页

学科分类：081203[工学-计算机应用技术] 08[工学] 0835[工学-软件工程] 0812[工学-计算机科学与技术（可授工学、理学学位）] 

基　　金：安徽省高校自然科学研究基金项目(KJB2007B159) 

主　　题：蛋白质相互作用位点 进化保守性 序列谱 支持向量机 蛋白质结构数据库 

摘      要：为了从蛋白质结构数据库中提取经验知识,进行蛋白质作用位点预测,提出了以蛋白质序列谱作为特征向量,采用支持向量机算法进行训练和预测蛋白质相互作用位点的方法。从蛋白质一级序列出发,以序列上邻近残基的序列谱为输入特征向量,采用支持向量机方法构建预测器,来预测蛋白质相互作用位点,预测精度达到70.47%,相关系数CC=0.1919。实验结果表明,利用蛋白质序列谱,结合支持向量机算法进行蛋白质相互作用位点预测的方法是有效的。