利用串联质谱鉴定氨基酸突变的生物信息学算法

作     者：余庆 吴松锋 马洁 朱云平 舒坤贤 YU Qing;WU SongFeng;MA Jie;ZHU YunPing;SHU KunXian

作者机构：重庆邮电大学生物信息学研究所重庆400065 北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206 中国人民解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京100850 

出 版 物：《中国科学：生命科学》 (Scientia Sinica(Vitae))

年 卷 期：2014年第44卷第11期

页      面：1113-1124页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 071010[理学-生物化学与分子生物学] 081704[工学-应用化学] 07[理学] 08[工学] 0817[工学-化学工程与技术] 

基　　金：国家自然科学基金(批准号:21105121,21275160) 国家高技术研究发展计划(批准号:2012AA020409,2012AA020201) 北京市自然科学基金(批准号:5122013)资助项目 

主　　题：氨基酸突变 串联质谱 鸟枪法蛋白质组学 氨基酸突变鉴定 

摘      要：氨基酸突变能够改变蛋白的结构和功能,影响生物体的生命过程.基于串联质谱的鸟枪法蛋白质组学是目前大规模研究蛋白质组学的主要方法,但是现有的质谱数据鉴定流程为了提高鉴定结果的灵敏度往往会有意压缩数据库中的氨基酸突变信息.因此,如何挖掘数据中的氨基酸突变信息成为当前质谱数据鉴定的一个重要部分.当前应用于氨基酸突变鉴定的串联质谱鉴定方法大致可以分为3大类:基于序列数据库搜索的方法、基于序列标签搜索的算法以及基于图谱库搜索的算法.本文首先详细介绍了这3种氨基酸突变鉴定算法,并分析了各种方法的特点和不足,然后介绍了氨基酸突变鉴定的研究现状和发展方向.随着基于串联质谱的蛋白质组学的不断发展,蛋白序列中的氨基酸突变信息将被更好地解析出来,从而得以深入探讨由氨基酸突变引起的蛋白结构和功能改变,为揭示氨基酸突变的生物学意义奠定基础.