基于多维蛋白质组学的孤儿受体NR2F2功能研究

作     者：丁铭 秦兆宇 丁琛 贺福初 DING Ming;QIN Zhao-yu;DING Chen;HE Fu-chu

作者机构：复旦大学生物医学研究院上海200032 复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室上海200438 国家蛋白质科学中心北京102206 蛋白质组学国家重点实验室-北京放射医学研究所北京102206 

出 版 物：《复旦学报（医学版）》 (Fudan University Journal of Medical Sciences)

年 卷 期：2018年第45卷第6期

页      面：759-768页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 071009[理学-细胞生物学] 09[农学] 0901[农学-作物学] 090102[农学-作物遗传育种] 

基　　金：国家重点研发计划(2017YFC0908404 2017YFA0505102) 国家自然科学基金青年项目(31700682) 

主　　题：孤儿受体 转录因子 全蛋白质谱 TOT RNA-seq 细胞周期 多维蛋白质组学 

摘      要：目的采用多维蛋白质组学对孤儿受体NR2F2 (chicken ovalbumin upstream promoter transcription factorⅡ)进行系统生物学的功能探索。方法在肺癌细胞系A549中构建NR2F2过表达的稳定株,通过转录因子快速鉴定模型(catTFREontips,TOT)、RNA-seq和全蛋白质谱(protein profiling-MS)等方法寻找NR2F2调控的转录因子(transcription factors,TFs)及其下游靶基因(target genes,TGs),通过对这些TFs和TGs的GO/KEGG功能分析,研究NR2F2的功能。通过实时定量PCR (real time quantitative PCR,RT-qPCR)和Western blot验证上述NR2F2下游靶基因。结果多维蛋白质组学数据的整合分析表明,NR2F2能够上调免疫调控相关的转录因子活性,同时下调TGF-β信号通路相关转录因子如SMAD2/3/4/5,以及细胞周期相关转录因子的转录活性。对全蛋白质谱和RNA-seq数据的功能聚类分析表明,NR2F2能够促进NF-κB等免疫相关通路的上调,抑制细胞周期信号通路;细胞周期相关的蛋白质CCND3 (cyclinD3)、CCNA (cyclinA)、CDKN1A (P21)和TP53均受到显著的负调控。结论 NR2F2对免疫信号通路和细胞周期信号通路起一定的调控作用;采用多维蛋白质组学和生物信息学相结合的手段能够快速明确探索一个功能不清晰的分子。