基于HP模型的大麻素受体CB2折叠研究

作     者：梁凡 董宇 李正夫 李姣姣 纪兆辉 LIANG Fan;DONG Yu;LI Zhengfu;LI Jiaojiao;JI Zhaohui

作者机构：淮海工学院计算机工程学院江苏连云港222005 淮海工学院药学院江苏连云港222005 

出 版 物：《生物信息学》 (Chinese Journal of Bioinformatics)

年 卷 期：2018年第16卷第4期

页      面：255-261页

学科分类：081203[工学-计算机应用技术] 08[工学] 0835[工学-软件工程] 0812[工学-计算机科学与技术（可授工学、理学学位）] 

基　　金：江苏省高等学校自然科学研究资助项目(No.17KJD520002 No.17KJB350002) 淮海工学院科研基金资助项目(No.Z2015012) 江苏省大学生创新创业训练计划项目(No.SZ201811641106001) 

主　　题：蛋白质折叠 HP模型 大麻素受体 蒙特卡罗 

摘      要：Cannabinoid receptor Type 2(简称CB2)是大麻素受体的一种亚型,因为其无中枢神经副作用,不会产生成瘾性及耐受性,显示出了非常好的开发前景和潜在的应用价值。其作为免疫调节剂、神经保护剂和抗癌药等将具有巨大市场价值。目前,CB2蛋白的空间结构还未被测定出来,对于CB2的折叠问题研究也开展的较少,为了研究大麻素受体亚型蛋白CB2的折叠问题以及方便更多的研究人员对CB2空间结构和相关药理特性的研究,本文提出了一种基于HP模型的折叠求解方法。通过使用回溯机制和蒙特卡罗方法对此优化问题进行求解,算法可有效的在全局范围内进行寻找最优解,避免了掉入局部最优问题。实验结果表明,本文方法获取的CB2蛋白空间构象具有较低的能量值,折叠情况较好。