日本沼虾EST-SNP的筛选及多态性检测

作     者：李喜莲 杨元杰 李飞 顾志敏 郭建林 张宇飞 贾永义 黄鲜明 

作者机构：农业部淡水渔业健康养殖重点实验室浙江省淡水水产遗传育种重点实验室浙江省淡水水产研究所浙江湖州313001 

出 版 物：《东北农业大学学报》 (Journal of Northeast Agricultural University)

年 卷 期：2016年第47卷第2期

页      面：67-73页

学科分类：1008[医学-中药学(可授医学、理学学位)] 07[理学] 0713[理学-生态学] 10[医学] 

基　　金：浙江省重大科技专项重大农业项目(2012C12907) 浙江省公益技术研究农业项目(2014C32066) 浙江省省属科研院所扶持专项计划项目(2014F10037) 浙江省条件建设项目(2013F10047) 浙江省淡水水产研究所项目(ZJS2014-3) 

主　　题：日本沼虾 单核苷酸多态性(SNP) 表达序列标签(EST) 

摘      要：利用EST数据库开发SNP是筛选SNP标记的重要途径。本研究利用日本沼虾现有EST数据开发SNP标记—从NCBI获得8 458条EST序列;Seqclean软件去除序列中的载体、引物和接头等污染序列,得到8 453条EST序列;利用Quality SNP软件对预处理后序列中含有4条以上同源序列重叠群进行分析,在含有4条以上同源序列的1 055个重叠群中,筛选得到可靠SNP（Reliable SNPs）位点705个,较可信SNPs（High confidence SNPs）905个,潜在SNPs（Potential SNPs）1 144个。根据候选SNP位点设计28对引物,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,基因分型验证44个太湖个体,13对引物具有二等位基因多态性,观测杂合度和期望杂合度范围分别为0.259~0.745和0.255~0.728。结果表明,EST数据库中存在大量SNP位点,筛选的SNP标记可用于日本沼虾遗传学分析。