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新氨基酸拓扑描述子得分矢量及支持向量机用于肽定量序列-迁移预测
作者机构：重庆大学化学化工学院重庆400030 湖南大学化学生物传感与计量学国家重点实验室
出 版 物：《科学通报》 (Chinese Science Bulletin)
年 卷 期：2006年第51卷第14期
页 面：1644-1648页
核心收录：
学科分类：081704[工学-应用化学] 07[理学] 08[工学] 0817[工学-化学工程与技术] 070303[理学-有机化学] 0703[理学-化学]
基 金：重庆市应用基础基金(批准号:01-3-6) 湖南大学化学生物传感与计量学国家重点实验室基金资助项目
摘 要：收集了23种氨基酸1262种结构信息,经主成分分析得新的-氨基酸拓扑描述子得分(SATD)矢量.将其用于125个不同长度肽的结构表征,分别以支持向量机(SVM)和偏最小二乘(PLS)建立肽定量序列-迁移模型(QSMM).结果表明,SATD描述子所含信息量大,易于操作,能较好地表征125个肽结构.与PLS相比,SVM在对电泳迁移率建模预测中表现出较强的拟合能力和良好的预测能力.
