两种基因集分析方法的有效性比较

作     者：曹文君 李运明 陈长生 Cao Wenjun;Li Yunming;Chen Changsheng

作者机构：第四军医大学军事预防医学系卫生统计学教研室710032 山西省长治医学院基础部046000 

出 版 物：《中国卫生统计》 (Chinese Journal of Health Statistics)

年 卷 期：2009年第26卷第5期

页      面：462-465页

学科分类：1004[医学-公共卫生与预防医学(可授医学、理学学位)] 100401[医学-流行病与卫生统计学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金资助项目(39900126) 陕西省科技计划项目(2008K04-02) 

主　　题：基因表达谱 基因集 SAM-GS χ2-Fisher's精确检验 推断 

摘      要：目的比较竞争性原假设χ2-Fisher’s精确概率法和自限性原假设SAM-GS方法作为基因集分析方法筛选富集基因集的效能,探讨两种方法的筛选效果。方法采用两种待比较的方法处理5种不同情景下的模拟数据,比较筛选结果与模拟设定的差异,计算相应的评价指标,探讨两种方法筛选富集基因集的效果。结果相同设定条件下,SAM-GS方法的筛选率均高于χ2-Fisher’s精确概率法。但推断结论相差不大,即当两组间均数相差较小(≤0.30)时,两种方法均不能较好地识别组间差异;相反,当两组均数差异足够大(0.30)时,两种方法均能识别差异。结论SAM-GS方法略优于χ2-Fisher’s精确概率法,但两种方法均可用于基因表达谱筛选富集基因集的分析。χ2-Fisher’s精确概率法的优点是可用来分析解释变量为多分类变量的数据资料。