一种并行化的GPCR结构预测方法

作     者：缪大俊 吕强 吴宏杰 陈沙沙 Miao Dajun;Lü Qiang;Wu Hongjie;Chen Shasha

作者机构：苏州大学计算机科学与技术学院江苏苏州215006 江苏省计算机信息处理技术重点实验室江苏苏州215006 苏州科技学院电子与信息工程学院江苏苏州215009 

出 版 物：《苏州大学学报（自然科学版）》 (Journal of Soochow University(Natural Science Edition))

年 卷 期：2012年第28卷第3期

页      面：26-31页

学科分类：1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金(60970055 61170125) 

主　　题：GPCR 结构预测 并行 loop预测 

摘      要：全球20种最畅销的12种药物都是以GPCR(G蛋白偶联受体)为作用靶标,因为生化实验方法很难得到其三维结构,已知结构的GPCR数目只有7个.当前主流的GPCR结构预测方法主要是基于模板的预测和从头预测,但是由于GPCR序列相似性较低,而且长度普遍较长,故单靠一种方法很难预测出比较好的GPCR三维结构.本文结合GPCR的特点,将上述两种方法进行结合,提出了一种并行化的结构预测方法.使用该方法对GPCR Dock 2010中的两个目标(CXCR4和D3)进行预测,实验结果表明,本文预测的跨膜螺旋区域和ECL2区域比官网发布的大多数研究小组的结果更接近天然结构.