蛋白质序列比对算法在众核结构上的并行优化

作     者：叶笑春 林伟 范东睿 张浩 YE Xiao-Chun;LIN Wei;FAN Dong-Rui;ZHANG Hao

作者机构：中国科学院计算技术研究所计算机体系结构重点实验室北京100190 中国科学院研究生院北京100049 

出 版 物：《软件学报》 (Journal of Software)

年 卷 期：2010年第21卷第12期

页      面：3094-3105页

核心收录：

学科分类：08[工学] 081202[工学-计算机软件与理论] 0812[工学-计算机科学与技术（可授工学、理学学位）] 

基　　金：国家自然科学基金No.60736012 国家重点基础研究发展计划(973)No.2005CB321600 

主　　题：序列比对算法 众核 并行 优化 

摘      要：在生物信息学中,蛋白质序列比对是最为重要的算法之一,生物技术的发展使得已知的序列库变得越来越庞大,这类算法本身又具有计算密集型的特点,这导致进行序列比对所消耗的时间也越来越长,目前的单核或者数量较少的多核系统均已经难以满足对计算速度的要求.Godson-T是一个包含诸多创新结构的众核平台,在该系统上实现了对一种蛋白质序列比对算法的并行化,并且结合蛋白质比对算法以及Godson-T结构的特征,针对同步开销、存储访问竞争以及负载均衡3个方面对算法进行了细致的优化,最终并行部分整体也获得了更优的、接近线性的加速比,并且实际性能远远优于基于AMD Opteron处理器的工作站平台.