2009年肠道病毒71型广州分离株的全基因组序列分析

作     者：常彦敏 许沙沙 徐霖 冯发深 何霞 王铸 张定梅 黎孟枫 曹开源 CHANG Yan-min;XU Sha-sha;XU Lin;FENG Fa-shen;HE Xia;WANG Zhu;ZHANG Ding-mei;LI Meng-feng;CAO Kai-yuan

作者机构：中山大学临床检验标准化研究中心广东广州510080 中山大学中山医学院微生物学教研室广东广州510080 广东省重大传染病预防和控制技术研究中心广东广州510080 中山大学热带病防治研究教育部重点实验室广东广州510080 

出 版 物：《热带医学杂志》 (Journal of Tropical Medicine)

年 卷 期：2011年第11卷第2期

页      面：113-116,121,F0002页

学科分类：1004[医学-公共卫生与预防医学(可授医学、理学学位)] 100401[医学-流行病与卫生统计学] 10[医学] 

基　　金：国家重大传染病防治科技重大专项(2009ZX10004-213) 广东省重大传染病专项 

主　　题：肠道病毒71型 全基因组 系统进化分析 

摘      要：目的分析2009年肠道病毒71型广州分离株GZHY09的全基因组序列,并与GenBank中的序列进行分析比对。结论从GenBank上选不同地区的EV71全基因组序列,设计相互重叠的覆盖病毒整个基因组序列的12对引物,采用RT-PCR扩增出12个基因片段,通过测序获得全基因组序列,并参考国内外各EV71基因型的分离毒株,用MEGA4软件进行进化树分析,用DNAStar软件中的MegAlign进行同源性分析。结果 12个重叠基因片段序列拼接获得EV71全基因组序列,共7404个核苷酸,同源性分析结果表明在VP1区,GZHY09株与中国大陆的Anhui08、Zhejiang08、Shenzhen08的核苷酸序列同源性比较高,其中以Anhui08最高(97.7%)。结论 GZHY09属EV71病毒的C4亚型,与近年我国大陆地区流行的EV71株在进化上属于同一基因型,与Anhui08、Zhejiang08、Shenzhen08具有高度的同源性。