斑鳜胃蛋白酶原C及其5′侧翼区的克隆及序列特征分析

作     者：邓燕飞 赵金良 吴雪峰 DENG Yan-fei;ZHAO Jin-liang;WU Xue-feng

作者机构：上海海洋大学农业部水产种质资源与利用重点开放实验室上海201306 

出 版 物：《上海海洋大学学报》 (Journal of Shanghai Ocean University)

年 卷 期：2009年第18卷第6期

页      面：641-648页

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：江苏省农业科技攻关项目(BE2007329) 上海海洋大学博士启动基金(07274) 上海教委项目(05KZ02) 上海市重点学科建设项目(Y1101) 

主　　题：斑鳜 胃蛋白酶原C 5’侧翼区 启动子 

摘      要：采用RT-PCR和RACE等技术克隆了斑鳜(Siniperca scherzeri)胃蛋白酶原C(pepsinogen C,PGC)的cDNA全长和部分DNA序列,结果表明:PGC cDNA序列全长1 505 bp,5′端非翻译区37 bp,3′端非翻译区304 bp,开放阅读框架(ORF)1 164 bp,共编码含有387个氨基酸的蛋白质,包括由16个氨基酸组成的信号肽、39个氨基酸的激活肽和332个氨基酸的成熟肽。斑鳜PGC氨基酸序列与斜带石斑鱼、伯氏豚虾虎鱼、狼鲈、美洲红点鲑4种鱼的相似度分别为92.0%、91.5%、90.2%、89.1%,与非洲爪蟾、鸡、人、兔、褐家鼠的序列相似度分别为76.8%、72.8%、72.5%、69.9%、67.3%,表明PGC基因在长期的进化中较为保守。PGC基因由9个外显子和8个内含子组成,内含子剪切位点符合GT-AG规则,在第7含子中发现(GACA)6、(CA)6类型的微卫星序列,第8内含子中发现(TG)5类型的微卫星序列。采用锚定PCR方法获得了PGC 5′侧翼区长1 924 bp的序列,启动子区域位于-40^+10 bp,包含TATA盒以及GATA-1、CdxA、Hand1/E47、AP-1、Nkx-2、S8、FOX J2等转录因子的结合位点。结果为进一步研究该基因的表达、功能及其转录调控特征奠定了分子基础。