适于海岛棉指纹图谱构建的SNP核心位点筛选与评价

作     者：李乐晨 朱国忠 苏秀娟 郭旺珍 LI Le-Chen;ZHU Guo-Zhong;SU Xiu-Juan;GUO Wang-Zhen

作者机构：南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室/杂交棉创制教育部工程研究中心江苏南京210095 新疆农业大学农学院新疆乌鲁木齐830052 

出 版 物：《作物学报》 (Acta Agronomica Sinica)

年 卷 期：2019年第45卷第5期

页      面：647-655,I0003-I0009页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0901[农学-作物学] 

基　　金：国家重点研发计划项目(2017YFD0102000) 江苏现代作物生产协同创新中心(No.10)项目资助 

主　　题：基因芯片 DNA指纹图谱 SNP 海岛棉 

摘      要：海岛棉具有纤维品质好、抗病性强等优异性状,不仅为纺织工业提供优质棉纤维原料,也是陆地棉相关性状改良的重要供体材料。然而,与陆地棉相比,开展海岛棉的遗传多样性和基因分型研究相对较少。本研究基于CottonSNP80K芯片对282份不同来源的海岛棉品种/材料进行基因组SNP分型研究,以选择高效鉴别海岛棉材料的核心位点组合。按照检出率大于95%、具多态性、最小等位频率(MAF)大于0.01、杂合率小于0.05、无冗余位点等条件筛选,获得2594个高质量SNP位点。对上述位点设置不同数目梯度筛选,确定最优核心位点数。随着位点个数的增多,位点组合对海岛棉材料的识别率逐渐增加。当位点数为200时,识别率为89%;位点数提高到1500时,识别率可达99%。进一步增加位点数,识别率无显著变化。利用中选的1500个SNP位点检测供试材料,其平均MAF值0.14,平均杂合率0.007,平均多态信息含量0.21。SNP位点的聚丙烯凝胶电泳验证表明,SNP-PCR与芯片分型结果一致性达98.3%。本研究提供了适于海岛棉指纹图谱构建、含1500位点的一套核心SNP位点组合,可用于海岛棉遗传多样性分析和品种身份鉴定。