差异表达基因筛选方法的比较

作     者：蒋定锋 潘娟娟 赵耐青 Jiang Dingfeng;Pan Juanjuan;Zhao Naiqing

作者机构：复旦大学公共卫生学院卫生统计与社会医学教研室200032 复旦大学公共卫生学院2002级预防医学系 

出 版 物：《中国卫生统计》 (Chinese Journal of Health Statistics)

年 卷 期：2006年第23卷第5期

页      面：417-420页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 08[工学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 0901[农学-作物学] 0836[工学-生物工程] 090102[农学-作物遗传育种] 

主　　题：差异表达基因 模拟数据 FDR 

摘      要：目的比较基因芯片数据分析中常用的用于筛选差异表达基因的几种方法,探讨各方法的筛选效果。方法使用Bonferroni修正法等8种保守的方法以及两样本t检验、Wilcoxon非参数法、SAM共11种方法对模拟的芯片数据进行处理,以FDR(False discovery rate)和筛检的差异表达基因个数为指标考察其筛选效果。结果SAM的FDR仅次于8种保守的方法,但筛检的差异表达基因个数较多,适合基因芯片初筛差异表达基因的目的。结论SAM适合基因芯片初筛差异表达基因的目的。