缘管浒苔rbcL全长cDNA克隆与序列分析

作     者：应成琦 尹顺吉 林森杰 沈轶 何培民 YING Cheng-qi;YIN Shun-ji;LIN Sen-jie;SHEN Yi;HE Pei-min

作者机构：上海海洋大学农业部水产种质资源与养殖生态重点开放实验室 中国水产科学研究院东海水产研究所中国水产科学研究院盐碱地渔业工程技术中心 Department of Marine SciencesUniversity of Connecticut 

出 版 物：《水产学报》 (Journal of Fisheries of China)

年 卷 期：2010年第34卷第5期

页      面：786-795页

核心收录：

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：国家海洋局绿潮灾害专项课题 国家自然科学基金项目(30371101) 教育部博士点基金项目 上海市科委优秀学科带头人计划项目(08XD14037) 上海市水生生物学重点学科资助项目(S30701) 

主　　题：缘管浒苔 核酮糖1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶大亚基基因(rbcL基因) 前导序列 cDNA未端快速扩增 cDNA 

摘      要：对缘管浒苔光合作用第一关键酶Rubisco大亚基基因(rbcL)全长cDNA序列进行了克隆分离。首先应用RT-PCR方法获得了rbcL大片段cDNA序列,序列长度为1101bp,并进行了测序分析。然后分别应用5′RACE方法和3′RACE方法获得2个克隆序列,其序列长度分别为371bp和579bp,并进行了测序分析。在此基础上,将3个片段序列进行拼接,获得了Rubisco大亚基全长cDNA序列(1472bp),其中包括1425bp的编码区序列及47bp的前导序列(NCBI登录号:DQ813496),并推断出蛋白质序列(474个氨基酸)。对序列进行了相关生物信息分析和同源性比对,结果显示与已克隆出全长rbcL基因的7种绿藻比较具有较高同源性,核苷酸序列和蛋白质序列同源性分别达到了82.07%～85.78%和88.00%～94.11%,其中与蛋白核小球藻蛋白质序列同源性最高,为94.11%。在此基础上,使用生物信息学软件对缘管浒苔rbcL氨基酸序列与其它植物或藻类进行了多序列比对,并且进一步应用在线软件程序进行了蛋白质的二级结构分析和三级结构预测。