偃松内参基因PpEF-1α的生物信息学分析

作     者：王思瑶 于宏影 丛日征 闫晓娜 周鑫 WANG Si-yao;YU Hong-ying;CONG Ri-zheng;YAN Xiao-na;ZHOU Xin

作者机构：国家林业和草原局哈尔滨林业机械研究所哈尔滨150086 中国林业科学研究院寒温带林业研究中心哈尔滨150086 

出 版 物：《温带林业研究》 (Journal of Temperate Forestry Research)

年 卷 期：2019年第2卷第4期

页      面：47-53页

学科分类：0710[理学-生物学] 090701[农学-林木遗传育种] 0907[农学-林学] 07[理学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 

基　　金：林木遗传育种国家重点实验室开放基金(K2019105) 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金(CAFYBB2016ZD009、CAFYBB2017ZX001-6) 

主　　题：偃松 EF-1α基因 内参基因 生物信息学 

摘      要：【目的】寻找偃松种子萌发过程的内参基因,为研究偃松种子萌发过程提供必要的分子生物学基础,丰富偃松基因资源。【方法】利用偃松种子萌发RNA-Seq数据和Genbank数据库对比筛选偃松EF-1α基因,通过生物信息网站及软件对其进行生物信息学分析。【结果】得到一条偃松EF-1α基因,命名为PpEF-1α。该基因具有完整的开放读码框(ORF),ORF长1344 bp,编码447个氨基酸,其氨基酸序列与挪威云杉EF-1α氨基酸序列(GenBankID:CAC27139.1)相似度最高,可达97.46%。PpEF-1α基因存在一个PTZ00141超家族位点。该基因编码的蛋白为亲水性稳定蛋白,具有α螺旋、延伸链以及无规则卷曲二级结构。根据实验室前期转录组分析结果显示,PpEF-1α基因在此过程中稳定表达。【结论】找到偃松种子萌发过程中的一个内参基因PpEF-1α,但其表达趋势有待于进一步的实验验证。